在针刀临床治疗中，对治疗点的选择可借助几种理论的指导进行检查选择：
(1)按解剖选点：每种疼痛性疾病均在不同的筋膜、韧带、肌腱等处有压痛点，且多在起止点或肌腱肌肉交接处。中医称之为“阿是穴”，西医认为是扳机点，而正确的选择应该是在详细查体、触诊，加之明确的诊断后所得。
若疼痛范围较广、压痛点较多，选择进刀部位以先选择向心部位后选择远端压痛点；先选择背侧压痛点后选择腹侧压痛点；先选择原发压痛点后选择继发压痛点为原则。
病灶部位较深时，需反复体会，必要时需在特殊姿势下定位准确进行治疗。
(2)枝川选点：在枝川的体壁内脏相关论及神经的前后根学说的基础上进行选择，如心脏疾患常在T4椎体旁有明显的条索样压痛点，行针刀治疗后病人常感胸闷等不适感解除。再如脊神经前根的病变在后根寻找压痛点，反之后根的病变在脊神经前根部位也常有压痛点。此选择方法的要点在于能否正确地理解枝川理论并熟知脊神经对肌肉支配的分布规律。
(3)全息理论选点：根据全息胚理论知道，一个细胞，一个组织，一个器宫在结构和功能上有相对应的内部完整性，而口、耳、舌、鼻、肢体等是较大的相对独立的部分，在人体相对较大的部分多能寻及相应的压痛点。根据该理论，人体某处病变，在肢体的任何一个肢节上均能寻找到压痛点。如竖脊肌可以看作一个相对独立的部分，从头至足的人体各部位或各器官均在其上分布有相对敏感的部位，有变硬、条索、硬结、压痛，可用针刀松解之。
(4)经络选点：人体的穴位与穴位之间、内脏与感官之间、体壁与内脏之间、内脏与内脏之间是相互联系的，这种联系的通路就是我们所说的经络，如根据解剖的神经分布看，经络穴位在人体360多个穴位中，一半分布在神经干上，另一半分布在神经干附近，而经络和神经之间的走行分布无直接关系，但从胚胎的发生和全息胚胎诱导看，与一些常用的穴位有着直接的关系，如心俞、肝俞、肺俞、肾俞等，病变的部位与穴位的分布有相当的一致性，如足太阳膀胱经与督脉分布于背部棘上韧带与竖脊肌部位等。
(5)明确诊断后选点：明确诊断后不用拘泥于压痛点，而是根据治疗原理确定进针点，以达到闭合性手术的治疗作用。如股骨头无菌性坏死的病变机制为关节腔内及骨髓腔内压力增高从而进一步影响血运。进针刀后十字切开髂股韧带达关节囊，从而起到内引流作用，必要时可用Ⅱ型针刀刺人股骨头内钻孔起到骨内减压的作用，临床治疗可达事半功倍的效果。
